La idea inicial de construir una línea férrea que conectara el Bajo Aragón con el Mediterráneo, data del año 1.865. Se trataba de dar una nueva salida a los productos agrícolas y a los lignitos, que se embarcarían hacia nuevos destinos.
En 1.882 la Sociedad General de Obras Públicas recibió la concesión de la línea y la traspasó a la Compañía del Ferrocarril de la Val de Zafán. Esta compañía inició un largo proceso de captación de socios inversores que cristalizó nueve años después. Así, en 1.891 la Compañía del Ferrocarril del Val de Zafán iniciaba las obras de la vía férrea que había de unir La Puebla de Híjar con el puerto de San Carlos de la Rápita.
El año 1.895 comenzó la explotación del primer tramo entre La Puebla de Híjar y Alcañiz (32 Km.). Las obras de prolongación de la línea sufrieron una parada importante durante años, y tan solo se explotará este primer tramo. En el año 1.923, tras una intervención de apoyo por parte del rey Alfonso XIII, se reiniciaron las obras, que tomaron nuevo impulso durante la dictadura de Primo de Rivera.
Durante la Guerra Civil, en el desarrollo del a Batalla del Ebro las tropas franquistas utilizaron el trazado entre Alcañiz y Bot para transportar material bélico y tropas, y también para evacuar heridos. Esto propició que tras la guerra se retomaran las obras y, finalmente, en 1.942 la línea llegaba a Tortosa. Seguidamente se inició la preparación de terrenos para el tramo entre Tortosa y San Carlos de la Rápita, pero nunca se llegarán a colocar los raíles, en gran parte debido a que el tramo de línea en funcionamiento era altamente deficitario.
Se ha de tener en cuenta que el ferrocarril de la Val de Zafán fue concebido para transportar mercancías más que viajeros, en consecuencia la mayor parte de las estaciones quedaron ubicadas fuera de los núcleos de población, lo que para los nuevos tiempos que corrían, la hacía inviable económicamente.
Dados sus condicionantes, el ferrocarril no pudo adaptarse a las necesidades de los tiempos modernos y tuvo una exigua vida de 31 años. El 19 de septiembre de 1.973, el hundimiento de un túnel entre las estaciones de Prat de Compte y el Pinell de Brai llevó al cierre definitivo de esta línea sin que llegara a concluirse el último tramo entre Tortosa y San Carlos de la Rápita.
Las estaciones de esta línea de ferrocarril, se estructuraron siguiendo este guión: el edificio principal realizaba las funciones de oficina, sala de espera y de embarque de pasajeros; además, el piso superior servía como vivienda del jefe de estación. El almacén era donde se cargaban y descargaban los vagones de mercancías y donde se almacenaba el carbón. Los servicios estaban concebidos para cumplir su función como tales. Por último, las viviendas anexas servían como hogar de los restantes empleados de la estación.
Tras el cierre de la línea, las instalaciones, estaciones y equipamiento, entraron en un rápido proceso de deterioro, al igual que las ilusiones de muchas personas que pusieron su empeño en el difícil desarrollo de esta línea férrea. Afortunadamente, con la puesta en funcionamiento de la Vía Verde de la Terra Alta, del Baix Ebre y del Matarraña, se abre una nueva etapa.